La collezione del Museo ha una storia antica: venne istituita dal direttore Carlo Livi nel 1875, per mostrare i progressi, le scoperte e le applicazioni che formavano un titolo di vanto per la scienza psichiatrica e la sua istituzione e venne ampliata dai direttori successivi, che conservarono parte degli oggetti di cura non più in uso. Dopo la mostra Il cerchio del contagio (1980, presso il padiglione Lombroso) gli oggetti sono stati conservati presso la Biblioteca scientifica Carlo Livi, prima di essere esposti qui.