La settecentesca chiesa di San Francesco annessa al complesso conventuale di cui fa parte il Museo, rieretta sulla preesistente chiesa tardo duecentesca tra il 1740 e il 1757 su disegno di Raffaele Campidori e Giambattista Boschi, costituisce una significativa testimonianza del tardo barocco faentino. Il consistente patrimonio, formato da arredi sacri e suppellettili liturgiche appartenente alla chiesa conventuale trova oggi negli spazi del convento la sua sede ideale.

La varietà della raccolta (arredi lignei, paramenti e tessuti sacri, dipinti, suppellettili liturgiche databili fra il XVII e XIX secolo) è arricchita dalle testimonianze di devozione popolare grazie a una serie di ex-voto espressione delle devozioni legate alla chiesa di San Francesco, cioè il culto di Sant’Antonio di Padova, dell’Immacolata e dell’Addolorata, risalenti al XVIII-XIX secolo.