L'Esposizione permanente del Museo di Paleontologia e Preistoria è suddivisa in quattro sezioni: Paleontologia dei Vertebrati, Paleontologia Umana e Preistoria, Geologia storica e Paleontologia degli Invertebrati. Le collezioni ospitate nelle quattro sale sono frutto di recupero, scambi e acquisti susseguitesi dal 1964 fino ad oggi.

Il Museo comprende le sezioni di Paleontologia dei Vertebrati, Preistoria, Paleontologia degli Invertebrati, Geologia Storica. Ogni sezione è articolata in una parte ostensoria ed in una parte conservativa. La parte ostensoria è costituita da campioni fossili originali, alcuni dei quali unici per il territorio nazionale (titanoteri, Smilodon o tigre dai denti a sciabola, Lystrosaurus etc.), calchi e rocce, tutti corredati da illustrazioni e didascalie.