All'interno della settecentesca cappella di Sant'Apollonia, in origine occupata probabilmente dal battistero, sorge il piccolo museo, che contiene, all'interno di vetrine e teche, alcuni reperti di notevole importanza, molti dei quali pervenuti nei secoli grazie all'importanza del luogo.

Tra i beni più preziosi si conserva il "Piviale di San Moderanno", stoffa lucchese forse risalente al XII secolo, ma che la tradizione vuole appartenesse al santo; realizzato in raso di seta verde su fodera bianca in lino, è arricchito solamente da una guarnizione a nastro rossa.

Il pezzo più raro è tuttavia un antichissimo calice di vetro, scoperto durante i lavori di consolidamento del 1971; fu ritrovato sotto il presbiterio all'interno di una tomba, priva di insegne, antecedente l'XI secolo; il raffinato oggetto, perfettamente integro nonostante l'estrema fragilità, è realizzato in un vetro sottilissimo con riflessi iridescenti; fu realizzato saldando insieme con gocce di vetro piede, gambo e coppa.