La collezione è costituita da documenti e cimeli storici di importanza locale e nazionale, oltre che da illustrazioni d'epoca, uniformi, armi, vessilli militari e bandiere. Di particolare importanza sono i cimeli legati alla compagnia dei Bersaglieri del Po, unità militare composta da volontari di Ferrara che partecipò alla prima guerra d'indipendenza. La datazione dei reperti conservati parte dai moti del 1848 e arriva alla seconda guerra mondiale. La sezione sulla Resistenza documenta gli anni dal 1919 al 1945.

Nel museo è conservata anche una statua di Vittorio Emanuele II di Savoia; questa statua costituiva, insieme all'Allegoria di Ferrara, ora collocata sulla facciata esterna del museo, un unico monumento originariamente situato di fronte alla cattedrale di San Giorgio. Fanno parte delle esposizioni del museo anche i resti della fortezza austriaca di Ferrara.