Allestito nello spazio ad aula delle chiesa, il museo conserva dipinti, oreficerie, arredi sacri e paramenti liturgici espressione di un'arte raffinata che si adatta perfettamente alla devozione popolare della montagna. Nell’edificio si conserva, tra altri arredi originali, il pregevole altare maggiore settecentesco interamente dorato, opera di intagliatori della cerchia reggiana dei Ceretti, una ancona lignea intagliata e dorata del 1622.

Fra le pale d'altare emerge una Madonna col Bambino e Santi di Saccaccino Saccaccini, maestro del Rinascimento carpigiano. Particolare interesse possiede la statua ottocentesca dell'Addolorata, con capo e mani in cartapesta e abiti in stoffa, che veniva esposta durante la Settimana Santa, secondo l'usanza dei "Sepolcri".

Sono esposti anche i libri liturgici legati alla vita della confraternita. Sulla cantoria della controfacciata è conservato un pregevole organo ottocentesco del pistoiese Nicomede Agati che viene usato per manifestazioni musicali; all'ingresso della chiesa sono poste su basamenti in legno le due campane settecentesche salvatesi dal crollo del campanile della chiesa per il terremoto del 7 settembre 1920.