I lavori per la costruzione dei Chiostri presero avvio all'inizio del XVI secolo, dovendosi trasferire in città un precedente convento ubicato fuori le mura. Il complesso monastico, comprensivo di cortili e orti, occupava una vasta area che andava dalla via Emilia fino alle mura ed apparteneva ai Monaci Benedettini che officiavano nell’annessa Chiesa di San Pietro. Il convento venne articolato intorno a due chiostri: uno di ridotte dimensioni dalla foggia tardo quattrocentesca e uno di ampia planimetria e di gusto manierista.

Il Chiostro piccolo fu realizzato tra il 1524 e il 1525 da Bartolomeo Spani, figura artistica dominante nel primo Cinquecento reggiano, che vi adottò un impianto tipicamente rinascimentale - modulare di impronta brunelleschiana. Grazie al recente restauro sono state recuperate, almeno in parte, le pareti affrescate che furono ricoperte da uno strato di calce negli anni cinquanta. Di gusto completamente diverso è il chiostro grande, realizzato circa sessanta anni dopo, da Prospero e Francesco Pacchioni, che adottarono un impianto manierista con bugnato alle pareti e, al piano superiore, finestre timpanate con nicchie decorate da possenti statue di santi dell’ordine benedettino, realizzate dai fratelli Bernardo e Francesco da Lugano negli anni Sessanta del Seicento. Il progetto dei Chiostri è chiaramente stato influenzato dal modello di Palazzo Te a Mantova, disegnato da Giulio Romano.