L'interno della chiesa è di stile basilicale, suddivisa in tre navate scandite da colonne romane sormontate da capitelli preromanici.
Opere di pregio conservate nella basilica sono una statua con la Natività di Gesù con Giuseppe e la Beata Vergine Maria e il monumento funebre dedicato a Gian Galeazzo Boschetti, scolpito nella prima metà del XVI secolo da Antonio Begarelli e riscoperto nel 1827 da don Severino Fabriani.
Nella navata destra della basilica si conserva un frammento di stipite di portale in marmo, databile intorno al 1130 (probabilmente faceva parte del portale in marmo della chiesa); un bassorilievo in terracotta raffigurante la Madonna col Bambino, attribuita alla scuola dello scultore Antonio Rossellino; un paliotto d'altare in gesso dipinto in finto marmo, risalente al XVIII secolo (al centro troviamo raffigurato, in bassorilievo, il velo della Veronica con il volto di Cristo, circondato dagli strumenti della Passione); sopra al paliotto vi è un affresco di autore ignoto, risalente al XVI secolo, che riproduce Gesù nell’orto degli ulivi; una tomba alla cappuccina (risalente al IV-V secolo), posta sotto l’altare del tabernacolo.
Nella navata sinistra troviamo l'altare dedicato al patrono, San Cesario diacono e martire (di tale altare di notevole interesse è il paliotto di marmo cipollino del V-VI secolo, ritrovato in corrispondenza dell’altare centrale durante gli scavi interni alla chiesa); il dipinto di San Giuseppe in gloria, opera di Giacomo Cavedoni; alla fine della navata è possibile ammirare un capitello di marmo risalente al XV secolo su cui è stata posizionata la statua in terracotta di San Cesario, datata 1878.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
