Le prime documentazioni certe della chiesa risalgono al 1137 e attestano la sua funzione come ospizio per i pellegrini che andavano in Terra Santa. Un altro documento invece del 1301 associa la chiesa-ospizio ai Cavalieri di San Giovanni di Gerusalemme. Non a caso la chiesa è anche detta volgarmente "magione", dal francese maison, denominazione tipica delle case dei cavalieri.

Nel 1500 la chiesa prese il nome di Commenda poiché divenuta sede amministrativa di beni dei Giovanniti. Nel 1501 divenne commendatario Fra Paolo Casali, faentino di origini. Intorno al 1514 il cardinale Giulio de' Medici (futuro Papa Clemente VII), al quale era stata assegnata la Commenda di Faenza, vi rinunciò a favore dell'amico e confratello Fra Sabba di Castiglione.

L'interno è a navata unica con la volta abbassata poiché costruita dopo il crollo del 1300 causato, molto probabilmente, da un terremoto. Sulla parete sinistra, vicino all'ingresso, c'è un affresco databile tra il 1410 e il 1420, mentre sulla parete destra, in prossimità dell'altare, è visibile un affresco di scuola romagnola del 1403.

L'abside è decorata da un grande affresco di Girolamo da Treviso eseguito nel 1533. Vi è raffigurata la Madonna in trono con in braccio il Bambino, fra Santa Maria Maddalena e Santa Caterina d'Alessandria; a fianco della Maddalena trovano posto San Giovanni Battista e Fra Sabba (che aveva commissionato l'affresco) inginocchiato. In alto, sul catino dell'abside, compare la figura del Padre Eterno fra un nugolo di angeli. Ai lati dell'affresco, in chiaroscuro, le figure dell'arcangelo Michele e di San Girolamo.

Sulla parete sinistra è situato il sepolcro di Fra Sabba, consistente in una lastra di arenaria colorata con l'epigrafe in latino da lui dettata.