Il complesso abbaziale del monastero si compone di numerosi edifici: la Basilica e la piazza San Colombano, il corridoio-cavedio con l'abitazione abbaziale, il chiostro interno con il Museo della Città ed i giardini interni, il Museo dell'Abbazia nella zona dell'antico Scriptorium di Bobbio, il porticato con il giardino di Piazza Santa Fara, l'ex chiesa delle Grazie e vari edifici diventati oggi privati o rimasti pubblici come le ex carceri ed il tribunale oggi ostello.

Costruita tra il 1456 ed il 1522, sopra i resti della chiesa conventuale anteriore al 1000. La Basilica rinascimentale presenta numerosi affreschi all'interno dei quali è stata collocata una fitta serie di citazioni dalla Sacre Scritture. Un attento esame di queste citazioni rivela come una sola sia la citazione a cui è stato volutamente attribuito il massimo rilievo sulle pareti della Basilica, tanto da rivelarsi la vera "chiave di lettura" dell'intera serie di brani biblici.

Anche gli affreschi che decorano le navate interne, le due navate minori ed il transetto, eseguiti da Bernardino Lanzani e da un suo aiutante intorno agli anni 1527- 1530, riprendono e sviluppano con spunti originali il tema della centralità dello Spirito già evidenziato nelle scelta delle citazioni. Come già in alcuni lavori eseguiti a Pavia, il Lanzani si lascia ispirare da alcune opere di Albrecht Dürer, come sembra evidente nella suggestiva scena del Noli me tangere con Maria Maddalena ai piedi di Gesù risorto, affrescata nella volta centrale.

Sopra il portale d'accesso e sotto il portico detto Paradiso vi sta la scritta, monito dei templari: terribilis est locus iste (questo luogo è terribile), stante ad indicare un luogo sacro, mistico e misterioso da non profanare, pena la morte. Il Coro ligneo in stile gotico è del 1488.