Il parco è disposto sul versante di una vasta collina alle pendici del Pizzo Badile Camuno, sul versante orientale della Valle Camonica. È caratterizzato da un vasto corpus di oltre un centinaio di superfici rocciose riportanti numerose incisioni rupestri. Le rocce presenti all'interno del parco nazionale sono delle arenarie Permiane.

L'area del Parco Nazionale delle Incisioni rupestri di Naquane è un museo all'aria aperta contenente una tra le migliori collezioni di arte rupestre della Valle Camonica. Il toponimo "Naquane" che dà il nome all'area è attestato già nell'Ottocento anche nella variante "Nacquane". Secondo gli studi di Emmanuel Anati su alcune rocce si trovano incisioni rupestri databili al neolitico, anche se la maggior parte delle raffigurazioni si riferiscono all'età del ferro.

Di primaria importanza si segnala la roccia n°1, la prima scoperta, che rappresenta una enorme superficie levigata sulla quale prendono posto centinaia di raffigurazioni, in particolare di cervi. Fra le rocce più interessanti si segnala la n° 70 che riporta, secondo alcuni studiosi, la rappresentazione più antica della divinità celtica Cernunnos. Altre incisioni rupestri degne di nota sono il cosiddetto Sacerdote che corre e la Scena del fabbro, entrambe riportate sulla roccia n° 35. Per quanto riguarda le figure greche la più importante, non solo del parco ma di tutta la valle, è quella del cavallo presente nella roccia 60, definito greco-etrusco dagli storici.

Nella parte centrale del parco prende posto un "Antiquarium" ed un'esposizione di massi menhir provenienti dai comuni di Borno e Ossimo. L'intero parco è inserito in una cornice floreale di betulle, frassini, castagni, larici e più di rado abeti.