Il Museo è stato allestito al piano nobile del Palazzo Vescovile, per conservare e valorizzare le opere d'arte e la suppelettile liturgica proveniente dalle chiese del territorio diocesano, e in parte dalla collezione privata di monsignor Giuseppe Battaglia, vescovo di Faenza (1944 - 1976).

L'itinerario espositivo permette di percepire chiaramente sia gli spazi pubblici e di udienza, sia le stanze dell'appartamento privato dei vescovi faentini: la disposizione delle opere offre al visitatore la chiara immagine di una quadreria tardobarocca.

Di notevole importanza sono i superstiti affreschi della sala magna del Vescovado, una delle più antiche testimonianze della pittura medioevale a Faenza.