Il Museo di Storia Naturale dell’Università di Pisa è uno dei più antichi musei al mondo. Nato alla fine del XVI secolo come “Galleria” annessa al Giardino dei Semplici di Pisa (l’attuale Orto Botanico), il Museo ha arricchito le sue collezioni nel corso dei secoli e custodisce oggi un patrimonio di enorme valore storico e scientifico. Dalla fine degli anni Settanta il Museo ha sede presso la suggestiva Certosa di Pisa a Calci, un edificio trecentesco di grande pregio storico-architettonico.

Reperti di zoologia, fossili e minerali, organizzati secondo criteri sistematici e tematici, sono esposti su quasi 5000 metri quadrati di sale e gallerie disposte su tre piani.

Di notevole importanza la Galleria dei Cetacei, tra le prime in Europa per valenza scientifica, il settore di Paleontologia con i dinosauri e l'Acquario, il più grande d'acqua dolce d'Italia.

Tra i reperti più antichi e curiosi è possibile ammirare, nella rinnovata Galleria Storica, due splendide conchiglie lavorate in oro, una collana di denti di scimmia, una manina di corallo e il cranio umano con applicato un ramo di corallo, tutti risalenti al 1600, oltre ad alcuni animali estinti, come l'alca impenne, il fregilopo e la colomba migratrice.

Il Museo è sede del più grande acquario d'acqua dolce d'Italia. L'idea di ospitare anche animali vivi risale agli inizi degli anni Ottanta, quando Ezio Tongiorgi fece allestire per alcuni mesi degli acquari nelle cantine della Certosa ormai dismesse. È però nel 2008 che l'acquario diventa un'esposizione permanente del museo, infatti 24 vasche furono nuovamente installate nella cantina, andando così a creare il primo dei cinque settori attuali. Il 13 maggio 2016 sono state inaugurate le altre quattro sezioni che hanno portato l'acquario a essere il più grande d'Italia, con i suoi 60 mila litri d'acqua dolce.