Il Museo delle Navi Romane, venne realizzato tra il 1933 e il 1939 su progetto dell’architetto Vittorio Ballio Morpurgo, che si ispirò agli arsenali pontifici per poter costruire un museo adatto a contenere due grandi navi. L’edificio, che costituisce un dignitoso e corretto esempio di architettura tardo-razionalista, anche se non esente da un certo tono trionfalistico tipico dell’epoca in cui venne realizzato, è stato il primo Museo, in Italia e verosimilmente in Europa, ad essere costruito in funzione del contenuto. Infatti venne ultimato, chiudendo la parete verso il lago, solo dopo avervi introdotto le due imbarcazioni dell’imperatore Caligola, recuperate dal fondo del lago tra il 1929 e il 1932.

La notte del 31 maggio1944, a pochi anni dall’inaugurazione avvenuta nel 1940, un incendio doloso distrusse l’edificio e il suo contenuto e solo diversi anni dopo, nel 1953, fu possibile riaprirlo, esponendo quel poco che si era salvato: i bronzi decorativi delle navi, alcuni macchinari di bordo (in originale e in copia), il rivestimento della ruota di prua del primo scafo, un’ancora originale, un’altra in copia, riproduzioni di iscrizioni e rilievi relativi alla marineria antica e i due modelli delle navi in scala 1:5, realizzati dagli Stabilimenti di Castellammare di Stabia.

Purtroppo ulteriori problemi strutturali motivarono nel 1963 una seconda chiusura del Museo, che si protrasse fino al 1988, anno di riapertura definitiva. Da allora la Soprintendenza per i Beni Archeologici del Lazio sta portando avanti un progetto di valorizzazione del Museo, sia incrementando l’esposizione, sia ricollegando l’edificio al contesto storico e archeologico del lago.

L’edificio è articolato in due invasi: quello di sinistra dedicato ai reperti provenienti dalle due navi (in originale e in copia), quello di destra dedicato al territorio e in particolare al santuario di Diana, dove dal 1989 la Soprintendenza ha avviato campagne di scavi e restauri. Al centro è uno spazio dedicato a convegni e conferenze.