La fortezza, e tutta l'area compresa nell'ampio recinto delle mura spagnole (città murata e borgo antico), oggi di proprietà comunale, costituisce la più estesa cittadella fortificata esistente in Sicilia con una superficie di 7 ettari e oltre 12.000 m² occupati da edifici.

La fortificazione sorge sulla sommità meridionale della penisola di capo Milazzo e sovrasta il Borgo antico di Milazzo. L'insieme dei manufatti e dei sistemi difensivi costituiscono propriamente la "Cittadella Fortificata", altrimenti nota come Città Murata, i cui principali nuclei abitativi che la compongono sono posti a ridosso delle scoscese pareti nord-occidentali del rilievo.

I manufatti in ordine cronologico seguono uno sviluppo piramidale e concentrico verso il basso, al vertice è posta la parte più antica e via via verso il basso e degradanti verso l'esterno a levante, le varie sovrapposizioni identificabili negli stili delle architetture tipiche delle varie dominazioni. La Necropoli e le aree che costituiscono l'agglomerato o i castrum sono ubicati nelle zone pianeggianti della Cittadella.