L'abbazia fu costruita dall'imperatore Ludovico II, pronipote di Carlo Magno, nell'871 a causa di un voto fatto durante la sua prigionia nel ducato di Benevento. Inizialmente dedicata alla Santissima Trinità, fu poi intitolata a san Clemente quando, nell'872, vi si traslarono i suoi resti.

Fu soggetta, nei secoli successivi, a numerosi saccheggi: ad opera dei Saraceni nel 920 e, nel 1076, fu distrutta dal conte normanno di Manoppello Hugues Maumouzet. L'abate benedettino Grimoaldo intraprese la ricostruzione della chiesa che fu riconsacrata solennemente nel 1105. I lavori di ricostruzione terminarono solamente nella seconda metà del XII secolo sotto la conduzione dell'abate Leonate. L'abbazia divenne ricca e potente grazie alle donazioni di Ludovico II e i suoi successori; in seguito con il denaro accumulato seppe acquistare territori. D'altronde si poté permettere di nominare propri vassalli. Era poi in una posizione strategica perché quelle strade erano vie molto frequentate dai pellegrini che si recavano a Roma, a Gerusalemme e in altre località.

L'interno è composto da tre navate con abside semicircolare, che conducono al pulpito. Le arcate ogivali con doppia ghiera trovano riferimenti nel primo gotico borgognone. La maggiore altezza della navata centrale permette l'apertura di monofore lungo i fianchi. Il transetto non è perfettamente ortogonale alle navate. Tramite due rampe di scale si accede alla cripta. L'altare maggiore è costituito da un sarcofago paleocristiano, sormontato da un ciborio del XIV secolo. Il sarcofago è ricco di bassorilievi, come San Pietro tra le guardie, al centro Cristo tra Santi Pietro e Paolo, e a destra Pietro che rinnega Gesù.