Il museo attualmente ospita le ottocentesche tavole anatomiche “L’Anatomia Universa”, del celebre anatomista e illustratore Paolo Mascagni (1755-1815), tra le più monumentali opere mai pubblicate. Le tavole sono straordinarie per precisione e ricchezza di particolari, e rappresentano un uomo a grandezza naturale.

Il museo contiene, inoltre, tavole anatomiche in bianco e nero e a colori di altri autori, diverse collezioni di volumi anatomici dal 1700 ad oggi, il Prodromo della Grande Anatomia, seconda opera postuma di Mascagni pubblicata da Francesco Antommarchi (1800), più di 700 crani di varie epoche, 4 scheletri di varie epoche e grandezze, scheletrini in connessione anatomica, lo scheletro di un uomo vissuto 2300 anni fa proveniente dalla necropoli di Naxos, circa 1000 ossa umane disarticolate, preparati anatomici sia a secco che inclusi in resina di vari organi ed apparati, preparati anatomici mummificati, preparati in fissativo, strumentario anatomico, una collezione di microscopi ottici antichi, bilance, modelli anatomici in cera e in ceramica.