Il Museo Zoologico è distinto in tre sezioni che espongono le principali classi d’invertebrati, si tratta di una delle più complete collezioni d’Italia.

La prima sezione ospita: Poriferi e Celenterati, la seconda: Artropodi, Tentacolati, Anellidi, Molluschi ed Echinodermi.

Fra le numerose collezioni ostensive alcune meritano una particolare menzione: tra i Poriferi: le Demospongie, Ialospongie e Calcispongie; tra i Celenterati: gli Idrocoralli, i Madreporari e i Gorgonari; tra gli Artropodi: i Limulidi e i Crostacei; tra gli Echinodermi: gli Asteroidei e gli Echinoidei. Interessante è la collezione dei Tentacolati, che è l’unica presente in Campania. Curiose sono la collezione degli insetti più grandi del mondo e la “Lepidotteroteca” con specie provenienti da tutto il mondo.

Particolare è la collezione dei Merostomi oggi viventi, della famiglia dei Limuli con tutte le specie. Attraente è la Lepidotteroteca con farfalle provenienti da tutti i continenti. Va segnalata la collezione di Echinodermi sia mediterranei che tropicali, fra le più complete d’Italia.