Il nucleo espositivo del Museo è ospitato negli spazi adiacenti alla cattedrale: le strutture della trecentesca chiesa di S. Giovanni Battista, la cinquecentesca cappella dell'Immacolata e gli antichi ambienti dell'Episcopio concorrono con le collezioni di diversa natura a rappresentare la millenaria storia della Diocesi nolana. Le sale sono dedicate all'esposizione di preziosi argenti, di eleganti paramenti, di opere scultoree in marmo e legno, nonché di dipinti dal XV al XVIII secolo.

Tra le opere più interessanti in esposizione ricordiamo: l’Annunciazione, opera realizzata a cavallo tra il Quattrocento e il Cinquecento da Cristoforo Scacco da Verona, legata con molta probabilità alla committenza dei conti Nicola III e Gentile Orsini, e proveniente dalla chiesa dell’Annunziata di Nola, fu definita da Ferdinando Bologna uno dei più bei dipinti del Rinascimento meridionale; le quattro tavole raffiguranti san Felice Vescovo, san Paolino, san Massimo e san Giovanni Evangelista parte, insieme ad altre tavole disperse, dell’antico polittico della Cattedrale di Nola realizzato, nel secondo decennio del XVI secolo, dal pittore salernitano Andrea Sabatini su commissione del vescovo Giovan Francesco Bruno (1505 - 1546); La piccola Madonna con il bambino dalla delicatezza Raffaelliana, attribuita ad Andrea Sabatini; La Maestà di Nola, datata al primo terzo del Quattrocento.