Il Museo è articolato in due sedi: la prima, che include la sezione dedicata all’arte sacra, è esposta nei locali del Palazzo del Seminario, sito nel Comune di Ischia e la seconda, che raccoglie la sezione archeologica fa parte del complesso della Basilica Pontificia di S. Restituta, sito nel Comune di Lacco Ameno.

Il Museo è suddiviso in cinque sezioni (marmi, sculture, dipinti, argenti e manufatti vari); gli oggetti provengono dalle chiese della diocesi e in particolare dall’odierna Cattedrale che raccoglieva gli arredi della Cattedrale sul Castello Aragonese, bombardata nel 1809. Notevole è un coperchio di sarcofago paleocristiano con cinque scene evangeliche datato tra il IV e il V secolo d.C.