L’allestimento museale in particolare si sviluppa all’interno della Cripta e della sala di San Lucio, un tempo inaccessibili ai fedeli. La cripta, che risale allo stesso periodo di fondazione della cattedrale (1103-1113), presenta numerose colonne e capitelli di spolio, una caratteristica pavimentazione a riggiole policrome ed un altare in marmi commessi del XVIII sec. Sull’altare, un tondo a bassorilievo rappresenta San Michele Arcangelo cui la cripta è dedicata. Al suo interno è stata creata una particolare e suggestiva ambientazione scenica: sopra a dei manichini sono stati esposti paramenti liturgici di manifattura napoletana, databili tra il XVIII ed il XIX sec. ; tra questi dalmatiche e piviali in seta con ricami dorati. Sull’altare in marmo poi è stato posto un tronetto per l’esposizione eucaristica, realizzato in lamine d’argento del ‘700.

La Sala di San Lucio, invece, posta sotto la Cappella del SS. Sacramento, comunica con la Cripta tramite una scala. Essa, dapprima utilizzata come refettorio, fu destinata già nel secolo scorso a diventare museo, dal momento che il vescovo di Sessa Diamare vi attaccò diversi reperti alle pareti. A questi primi reperti poi, ne sono stati aggiunti altri relativi ai secoli XII- XIX. Tra i numerosi reperti conservati nella sala sono da vedere: i plutei a mosaico provenienti dall’ambone (XII sec.) e dal coro medievale della cattedrale (XIII sec.), la lastra tombale di Iacopo De Gaudio, proveniente dall’antico “Sedile di San Matteo”; i dipinti del XVI, XVIII e XIX sec. tra cui due tavole di Marco Cardisco del 1530 e una tela del XVIII sec. attribuita a Guerra; il baldacchino processionale con la riza in argento della Madonna del Popolo ed un paliotto in stoffa del XVI sec.