La chiesa di Santa Sofia è un antico edificio religioso di Benevento; sorge nella piazza precedentemente omonima, oggi intitolata a Giacomo Matteotti. Si tratta di una delle più importanti testimonianze dell'architettura longobarda nella Langobardia Minor, anche se nel corso dei secoli è stata più volte rimaneggiata, fino ad acquisire il suo aspetto attuale. L'insieme fa parte del sito seriale "Longobardi in Italia: i luoghi del potere", comprendente sette luoghi densi di testimonianze architettoniche, pittoriche e scultoree dell'arte longobarda, iscritto alla Lista dei patrimoni dell'umanità dell'UNESCO nel giugno 2011.

La chiesa fu fondata dal duca longobardo Arechi II intorno al 760, come comprovano i numerosi placiti firmati dallo stesso principe, alcuni dei quali sono conservati presso il Museo del Sannio. Fu costruita su modello della cappella palatina di Liutprando a Pavia e presto divenne il tempio nazionale dei Longobardi, che, dopo la sconfitta di Desiderio ad opera di Carlo Magno (774), si erano rifugiati nel Ducato di Benevento, (Ticinum geminum, la seconda Pavia), che ospitò le reliquae langobardorum gentes.

La costruzione di Santa Sofia era parte di un vasto progetto di mecenatismo intrapreso da Arechi, che attraverso monumenti di prestigio cercò di sviluppare uno stile aulico all'altezza delle sue ambizioni (infatti, dopo aver inutilmente aspirato alla corona di re dei Longobardi, dopo la caduta di Desiderio elevò in quello stesso 774 il suo ducato al rango di principato).

Fu dedicata a santa Sofia, ovvero alla "Sapienza", come l'omonima chiesa di Costantinopoli, con una donazione del 774; Arechi vi annesse anche un monastero femminile benedettino, alle dipendenze di Montecassino, retto dalla sorella Gariperga, e vi conservò, dedicandogli un altare, le reliquie di san Mercurio abbandonate nel 633 presso Quintodecimo dal perdente imperatore Costante.

Degli affreschi originari, dai colori vivaci, che una volta ricoprivano tutto l'interno della chiesa, sono rimasti alcuni frammenti nelle due absidi laterali: l'Annuncio a Zaccaria, Zaccaria muto, l'Annunciazione e la Visitazione alla Vergine. Sono opera di artisti legati alla Scuola di miniatura beneventana e furono dipinti tra la fine dell'VIII e l'inizio IX secolo.