Il museo accoglie gran parte del tesoro un tempo appartenuto alla cattedrale normanna di Squillace, distrutta dal terremoto del 1783, e le opere d’arte che nel tempo sono provenute da tutta la diocesi. Attualmente la collezione è distribuita in cinque sale e raccoglie opere facenti parte del Tesoro della Cattedrale databili tra il XIV e il XIX secolo.

Tra gli oggetti presenti nel museo interessanti sono una croce d'altare di fattura napoletana, forse donata al Duomo dal vescovo Notaris e un calice in argento dorato con pietre preziose di artisti napoletani del '700. Raffigura alla base l'Ultima Cena e al centro la Natività. Particolarmente significativa è una pianeta del 1500, detta dei Borgia, perché della famiglia di papa Alessandro VI, che governò il paese dal 1494 al 1729.

Il museo raccoglie ancora reperti e frammenti lapidei quali: un busto di epoca romana rinvenuto negli scavi di Scolacium, due statue in marmo raffiguranti l'Annunciazione databili tra il '500 e il '600 che molti esperti e storici d’arte attribuiscono al Laurana o al Gagini, varie iscrizioni, frammenti in marmo provenienti dalla vecchia Cattedrale normanna, numerosi paramenti sacri in seta di fattura locale, ostensori, pissidi, mitra e pastorali appartenenti ai vari vescovi che si sono succeduti nell’antica diocesi di Squillace.