Il percorso espositivo si articola in sei sezioni: la prima è dedicata all'evoluzione storica e architettonica degli edifici di culto. La seconda espone oggetti in oro e argento, risalenti al 1500. Seguono le raccolte di paramenti liturgici, di dipinti e sculture. Uno spazio è dedicato alla patrona della città, sant'Anastasia.

Spicca il bel fermaglio di piviale in oro, smalti, perle, pietre ornamentali e paste vitree che è produzione dell'ultima età angioina del Mezzogiorno: rappresenta un fiore sbocciato visto dall'alto e contiene suggestivi rimandi simbolici cristologici, ben esplicati da un'iscrizione che corre sulla base. Un altro straordinario spillone è quello di Mons. Carlo Berlingieri (1679-1719), interamente lavorato a giorno con motivi vegetali arricchiti da pietre ornamentali e che è opera di argentiere napoletano attivo negli anni in cui il presule occupò la cattedra arcivescovile si Santa Severina. Tra la molta suppellettile liturgica esposta, certamente idonea a rappresentare l'evoluzione dei riti e delle forme artistiche a essi collegati.

Nel museo sono collocati anche l'Archivio storico interdiocesano, che custodisce documenti di varie epoche, tra cui una bolla pontificia del 1184, e la Biblioteca storica diocesana, che conserva numerosi volumi, tra cui incunaboli e cinquecentine.