Attualmente il MACA occupa trenta sale, per un totale di tremila metri quadri di spazi espositivi, distribuiti sui quattro piani del palazzo.

Undici grandi sale del museo sono adibite alla collezione delle opere di Silvio Vigliaturo, mentre alcune delle restanti diciannove sale, il cortile interno ed il giardino ospitano attività didattiche, incontri, workshop ed esposizioni temporanee. Fanno parte del palazzo anche la Sala delle Colonne, dominata da un colonnato romano di cui gli archeologi ignorano origine e funzione, e le sale del secondo piano, le uniche di cui sono conservati gli affreschi originali.