L'esterno è in linea alla sobrietà delle architetture ispirate agli ideali francescani. La chiesa occupa l'intero fianco destro e il suo ingresso è aperto da un portico sulla cui parete di fondo appaiono tracce di affreschi risalenti agli inizi del XVI secolo. Al disotto è il portale d'accesso alla chiesa in pietra tufacea a sesto acuto, ed un secondo di minori dimensioni con arco ribassato che immette nel chiostro del monastero. L'interno è costituito da una navata centrale divisa sul fondo dal presbiterio attraverso un grande arco a sesto acuto; lungo l'intero lato destro di questa, ulteriori tre arcate a sesto acuto conducono in una piccola navatella laterale ripartita in due ambienti. Ventiquattro colonne di forma ottagonale in tufo sorreggono il chiostro, nel quale insistono tracce di affreschi in lunette realizzati fra il 1538 ed il 1738 e rappresentanti la vita di san Francesco d'Assisi.

Il soffitto della navata centrale della chiesa è in legno lavorato a quadri carenato alla veneziana. Sotto l'arco principale è posizionato un crocefisso del XV secolo ad opera di Ignoto meridionale dai connotati fortemente drammatico-realistici; ai suo piedi era posizionato il già citato Polittico Sanseverino, ed in alto a sinistra domina uno splendido pulpito con baldacchino del 1611 con decorazioni di gusto classicheggiante e raffigurazioni in bassorilievo di alcuni santi. Appartiene al corredo sacro un coro ligneo datato 1656 ed un leggio del 1538 posti nell'abside.