La visita al museo, si apre con il motto evangelico “Chi resta in me porta molto frutto” con sotto l’immagine di San Francesco, fondatore dei frati minori, che, inginocchiato, prega di fronte al ceppo di una vite, che rappresenta l’Ordine minoritico da lui messo a dimora. Il filo conduttore del cammino summenzionato è proprio l’albero della vite, da cui partono i tralci che accompagneranno il visitatore per tutte le stanze del museo; metaforicamente parlando, è “un albero che porterà molti frutti alla Chiesa”, perché “la vite non fruttifica solo uva….”, e ciò è simboleggiato da due pergamene aggrappate al tralcio che riportano il nome di un bambino, il beato Nicola, che nasce a Gesturi, piccolo villaggio della Giara, diventa uomo e avvinghiato alla vite ne prende il nutrimento.

Più avanti si trova la sala, veramente molto suggestiva, dove è sistemato l’inginocchiatoio che il beato usava per la preghiera, seguita da quella dove sono deposti i resti della cassa che ha contenuto le sue spoglie sino alla traslazione. E’ qui che, ricordando la morte del frate, vengono raffigurate le foglie di vite che cadono, ma… “l’albero francescano è ancora vivo e la vite prosegue il suo cammino”.

L’ultima stanza, detta anche la stanza della glorificazione, vede esposti il quadro illustrante il miracolo della piccola Valeria e la pergamena, che ricorda le parole con le quali Papa Giovanni Paolo II ha proclamato la beatificazione di frate Nicola. In un lato è inoltre sistemato un video su cui scorrono ininterrottamente le immagini della sua vita che il visitatore può apprezzare in maniera continuativa.