L'Istituto è attualmente suddiviso in due sedi: un'ampia selezione di volumi, dipinti, strumenti musicali è esposta nelle sale museali di Strada Maggiore 34 (Palazzo Sanguinetti), mentre la gran parte del materiale bibliografico è consultabile nella sede di Piazza Rossini 2 (ex Convento di San Giacomo), in locali annessi al Conservatorio di musica G.B. Martini.

Tra le innumerevoli “storie musicali” che i documenti consentono di narrare, l’allestimento museale ha scelto di presentare quelle che la ricchezza documentaria può raccontare al meglio, quasi senza l’ausilio di inserti esplicativi: quella del suo principale artefice, Martini, e dei suoi amici e corrispondenti (come Christoph Willibald Gluck, Johann Christian Bach, Wolfgang Amadeus Mozart, Charles Burney); quella del libro musicale dal Cinque all’Ottocento; dell’opera italiana nel Settecento, intessuta attorno alla figura del Farinelli, e dell’Ottocento, attorno a Gioachino Rossini; la storia delle concezioni teoriche della musica dal Quattro al Settecento; e la storia dei personaggi e delle istituzioni nella vita musicale bolognese.