La congregazione dei celestini, fondata da Pietro da Morrone divenuto poi Papa con il nome di Celestino V, si era stabilita a Bologna nel 1368. I monaci erano stati invitati da Antonio di Ubaldino Galluzzi, nobile, la cui famiglia possedeva un gruppo di edifici in zona (da cui il moderno nome di Corte de' Galluzzi). Il monastero e la prospiciente Chiesa vennero dedicati a San Giovanni Battista. La Chiesa, il monastero ed il campanile subirono importanti lavori di espansione e ristrutturazione nel 1500, ma la forma attuale è dovuto ad un intervento settecentesco ad opera di Carlo Francesco Dotti e Francesco Tadolini.

La facciata presenta due registri, tripartita ed è conclusa da un timpano con cippo sommitale e croce metallica. Ha pianta longitudinale ed aula unica con quattro cappelle per lato e un presbiterio coperto da una volta a vela. L'interno è sontuoso, con rivestimenti in marmo e affreschi; l'esterno è intonacato, presenta alzati color rosso mattone e nervature architettoniche giallo paglierino, secondo la tradizione degli edifici religiosi bolognesi costruiti (o ristrutturati) nel XVIII secolo.

All'interno, nella volta affreschi di Giacomo Antonio Boni e Giacinto Garofalini. Nella Sacrestia è presente una pala di Lorenzo Sabbatini.

All'interno della Chiesa è presente la tomba di Niccolò dell'Arca, scultore di origine pugliese che fu molto attivo a Bologna nel XV secolo. Sulla facciata laterale destra è presente una lapida commemorativa dello stesso scultore.