Il complesso della Santissima Trinità è tra i più importanti siti monumentali di Venosa, il cui interesse si deve al fatto che nell'abbazia contiene la stratificazione di tracce ereditate principalmente da Romani, Longobardi e Normanni. La struttura si compone della chiesa antica (o chiesa vecchia), a cui dà accesso l'entrata principale, e della chiesa Incompiuta (o chiesa Nuova), la cui costruzione non fu mai portata a termine. È riconosciuto monumento nazionale con regio decreto dal 20 novembre 1897.

Vi è controversia sulla data di fondazione, ma gli studi più recenti riprendono le teorie di Daniel Bertaux: l'Abbazia (che inizialmente comprendeva solo la Chiesa Antica) venne innalzata dai Benedettini prima della venuta dei Normanni. Il nucleo originario è costituito da una Basilica Paleocristiana sorta tra il V ed il VI secolo, ove in precedenza vi era un tempio pagano dedicato a Imene. Nel 1059, venne consacrata da papa Niccolò II. Nello stesso anno Roberto il Guiscardo volle rendere la Chiesa il sacrario degli Altavilla e fece portare, all'interno, le salme dei suoi fratelli Guglielmo "Braccio di Ferro", Umfredo e Drogone (successivamente verrà anche lui sepolto qui).

Chiesa Incompiuta

L'edificio venne iniziato con l'impiego di materiali provenienti da monumenti di svariate civiltà, tra cui romana, longobarda ed ebraica. Il suo progetto risale al XII secolo, quando la Chiesa Antica venne giudicata un luogo inadatto di contenere un certo numero di fedeli, quindi si optò di architettare un vasto ampliamento dietro l'abside, con il fine di creare un'unica grande basilica.

Si dice che i lavori, sovvenzionati dai Benedettini, iniziarono verso la metà del 1100 ma i ritmi andarono man mano scemando, a causa dell'altalenante patrimonio dei Benedettini e anche perché questi furono costretti ad abbandonare Venosa, causa la soppressione del loro Monastero per volere del papa Bonifacio VIII nel 1297. Costui assegnò, nello stesso anno, il complesso ai "Cavalieri dell'Ordine dell'Ospedale di San Giovanni di Gerusalemme" (in seguito noti come Cavalieri di Malta), i quali persero i propri possedimenti in Palestina durante l'Ultima Crociata.

L'Ordine non prestò attenzione all'impianto monastico della nuova chiesa e stanziò il proprio quartier generale all'interno di Venosa, precisamente nel "Palazzo del Balì". Da quel momento, la struttura non venne più completata. Ad ogni modo, vennero attuati altri interventi come il portale nel XIV secolo e il campanile a vela nel XVI secolo, ma a livello architettonico la Chiesa Incompiuta rimase tale. 

Dalla chiesa di San Rocco si accede all’area archeologica che racchiude i resti monumentali della colonia latina di Venusia (fondata nel 291 a. C.) dal periodo repubblicano all’età medievale.