La chiesa, secondo una leggenda popolare, è sita nel luogo ove era il nucleo originario del paese, tuttavia la chiesa sorse probabilmente contemporaneamente al monastero della Madonna in Basilica sulla strada che da Aufidena passava per Trebula e si ricongiungeva all'altra strada che portava da Ostia Aterni ed arrivava a Larinum come citato dalla tavola Peutingeriana. Questo percorso viario è documentato dai resti di un ponte presso Quadri, ove presso la chiesa di Santa Maria del Pianto c'erano delle pietre miliari.

La prima citazione della chiesa è del 703 quando è nominata nel Chronicon Volturnense ove si nota che il duca di Benevento Gisulfo donò all'abbazia di San Vincenzo al Volturno l'ecclesiam Sanctæ Mariæ quae vocatur in duas Basilicas, quae est iuxta Sangri fluvii alveo sita, ubi ad antiquo tempore nulla abitatio hominum memoratum, sed tantu, silva publica. Quindi la badia di San Vincenzo possedeva due chiese di Santa Maria nell'odierna provincia di Chieti e la chiesa riferibile alla Madonna in Basilica è sita in una conca sul Sangro.

All'interno della chiesa della Madonna in Basilica, nella prima cappella a destra, sono esposti alcuni reperti raccolti durante alcuni scavi per la realizzazione di un metanodotto. Essi consistono in frammenti di ceramica e di laterizi con bolli di officina originariamente posti in copertura e pavimentazioni o come manici e colli di anfore ed un dolio parzialmente fanno pensare che appartenevano ad una villa rustica.