La villa sorse lungo l'Appia Antica, dove affacciava l'ingresso monumentale, estendendosi verso nord sul poggio creato da una lingua di lava proveniente da antiche eruzioni del Vulcano Laziale, fino al corso d'acqua torrentizio (detto, ancor oggi, Fosso dello Statuario) che l'erosione aveva scavato ai suoi piedi.

Dai bolli laterizi rinvenuti, il nucleo della villa è databile alla tarda età adrianea, cioè alla prima metà del II secolo. I nomi dei proprietari sono stati rilevati dalle condutture in piombo (fistulae aquariae) su cui erano incisi. Si trattava dei due fratelli Sesto Quintilio Condiano e Sesto Quintilio Valerio Massimo, nobili, colti, consoli entrambi nel 151, e grandi proprietari fondiari. Tenuti in grande onore da Antonino Pio e Marco Aurelio, la loro ricchezza e fortuna suscitò l'avidità di Commodo, che li accusò di aver congiurato contro di lui e nel 182-183 li fece uccidere, appropriandosi dei loro beni.

La grande proprietà divenne così una villa imperiale. Funzione che sembra aver mantenuto, stando alla datazione dei restauri e ad iscrizioni, citazioni e ritratti, fino all'imperatore Tacito, cioè fino a tutto il III secolo. Il complesso rimase poi parzialmente in uso fino al VI secolo (sono stati ritrovati bolli laterizi dell'epoca di Teodorico). Al periodo alto-medioevale sono attribuibili ulteriori tracce di utilizzo consistenti in ceramiche e sepolture individuate in alcuni ambienti della villa.

Come accadde per tutte le antiche proprietà imperiali, il fundus dei Quintili passò nei secoli in proprietà di varie istituzioni ecclesiastiche: nel X secolo lo troviamo citato nel patrimonio del monastero di Sant'Erasmo al Celio, poi, dal XII, in quello di Santa Maria Nova (oggi Santa Francesca romana). La tenuta - che veniva detta anche Roma Vecchia, forse per l'imponenza dei ruderi - passò poi (alla fine del Settecento) in proprietà dell'Ospedale del Santissimo Salvatore ad Sancta Santorum (oggi Ospedale di San Giovanni in Laterano), e nel 1797 fu venduta dal Monte di Pietà, che gestiva i beni dell'Ospedale, a Giovanni Raimondo Torlonia, al quale Pio VI fornì qualche anno dopo anche l'omonimo marchesato, appositamente creato.

In antico l'accesso avveniva dall'Appia (antica), all'altezza dei tumuli degli Orazi e Curiazi, attraverso il ninfeo monumentale; un ingresso moderno dall'Appia antica è in corso di ripristino (2015). L'ingresso principale moderno, invece, più agevole sia dal punto di vista stradale che del trasporto pubblico, avviene dal lato destro della Via Appia Nuova, poco prima dell'Ippodromo delle Capannelle. È da questa parte che i grandi ruderi si presentano più imponenti, ben visibili anche per chi passa velocemente lungo la statale - impostati sul leggero rialzo che guarda verso il Fosso dello Statuario. Nella descrizione delle strutture architettoniche partiremo quindi da questo ingresso.