Il museo raccoglie materiale proveniente da scavi effettuati nella zona dall'Ottocento ai primi anni 2000, soprattutto nelle vastissime necropoli, comprendenti circa 30.000 tombe (fra le quali la celebre tomba François) che coprono un arco temporale che parte dall'età del ferro fino all'età romana.

Il museo rispetta l'ordinamento cronologico dei reperti, distribuiti su due piani dell'edificio. Specialmente per le produzioni ceramiche esso offre un panorama cronologicamente e tipologicamente completo sulle attività produttive e sugli scambi commerciali dell'antico centro etrusco e romano: è privilegiata l'unitarietà dei contesti, esposti nella loro interezza; l'allestimento è volutamente improntato ad una semplicità che consente di apprezzare le sale dell'antica rocca.