Il museo mostra un'importante collezione di antichi oggetti greci dell'Italia meridionale. Sono esposti pezzi derivati dai ritrovamenti dei dintorni di Paestum, in primo luogo i corredi funebri provenienti dalle necropoli greche e lucane. Tra questi molti vasi, armi e dipinti.

I più importanti sono i dipinti provenienti dalla celebre Tomba del tuffatore (480-470 a.C.), unici esempi di pittura greca di età classica e della Magna Grecia, che interpretano la transizione dalla vita al regno dei morti, come un salto del tuffatore nell'acqua.

Notevole per importanza è anche il ciclo di tombe affrescate appartenente al periodo lucano della città.

Al museo è anche allestita l'esposizione dei cicli metopali provenienti dall'Heraion del Sele.