Il museo conserva reperti archeologici provenienti dall'antica città di Altinum e dalla sua necropoli. Il materiale, di epoca romana e preromana, comprende corredi tombali paleoveneti, che documentano l'evoluzione dell'insediamento tra il VII e il I sec. a.C., monumenti funerari databili al I sec. d.C.: altari cilindrici e ottagonali, stele, grandi mausolei a tempietto circolare e due bellissime statue acefale dei cosiddetti Tritoni della fine del I sec. a.C., frammenti architettonici, monete, mosaici e oggetti d'uso domestico.

All’esterno nel giardino del Museo saranno ricostruiti cinque recinti funerari e due mausolei monumentali a richiamare i ricchi monumenti funerari che si trovavano lungo le vie consolari, quali l’Annia e la Claudia Augusta. Di eccezionale interesse sarà l’esposizione dedicata al santuario emporico rinvenuto durante i lavori per la costruzione del museo, con le dediche al dio eponimo Altino, a evidenziare l’importante ruolo di porto commerciale svolto dalla città preromana e romana.