Il Museo ospita i principali reperti rinvenuti nel territorio circostante l'antica Metaponto e alcuni reperti provenienti dalla vicina zona di Pisticci e dall'area archeologica dell'Incoronata, ivi situata.

I reperti esposti di epoca preistorica consistono in vari oggetti e suppellettili rinvenuti in corredi funerari tra cui spiccano gioielli e oggetti in bronzo e in avorio di alta qualità.

La maggioranza delle testimonianze di età greca provengono dal sito dell'Incoronata di Pisticci, con coppe, tazze e ceramiche decorate, tra cui spicca l'incensiere con fusto decorato da animali e scene mitologiche. Di datazione successiva sono invece i reperti provenienti dai templi di Metaponto con numerosi vasi e coppe dipinte.