L’area archeologica del Porto di Traiano è formata da due contesti fisicamente vicini ma distinti, che afferiscono a quanto resta dei moli di Claudio, con le strutture connesse e il Museo delle Navi Romane, contigui all’aeroporto Leonardo Da Vinci, e al Porto di Traiano, la cui struttura originaria è ancora ben leggibile. L’area del Porto di Traiano, con i primi resti archeologici risalenti ai principati di Claudio e di Nerone, forma il parco demaniale del Porto Traiano, accessibile dalla via Portuense.

Il bacino portuale era inoltre attrezzato con magazzini ed un portico con colonne in travertino a rocchi appena sbozzati, chiamato per questo Portico delle Colonnacce. Nella zona del portico e dei magazzini era una darsena di forma rettangolare, che continuò ad essere utilizzata anche con il porto di Traiano, probabilmente per la sosta di piccole imbarcazioni destinate alla navigazione fluviale.

Il Porto di Traiano fu in uso probabilmente fino all’ultimo quarto del IX secolo, per essere abbandonato nel X-XI secolo d.C. L’area del porto di Claudio, completamente interrata, è ora occupata dalle strutture dell’aeroporto di Fiumicino, mentre il bacino del porto di Traiano è circondato dalla pineta dell’ottocentesca villa Torlonia, ora in gran parte espropriata.