La chiesa presenta la struttura classica delle basiliche di stile cistercense, con tre navate separate da archi ogivali e soffitto di legno. La facciata principale presenta il portale della Luna, tutto in marmo, decorato con altorilievi e con materiali antichi di recupero. Sul lato sud si trovano il portale delle Donne (ingresso laterale, è quello comunemente usato), anch'esso adorno di decorazioni marmoree, ed il campanile mozzato, le cui feritoie tradiscono l'uso di torre difensiva che ne fu fatto. Opposte alla facciata principale, si trovano tre absidi, la cui decorazione ad archi e bifore rivela un certo gusto arabeggiante.

Sotto l'altare maggiore si trova la cripta, in cui fanno bella mostra di sé delle colonne di epoca romana. Le absidi sono decorate da affreschi del Duecento. Sotto l'ingresso principale è un altro locale, ricavato nel Duecento dai resti dell'abside dell'antica chiesa paleocristiana.

Del monastero originario rimangono tracce nell'area dell'attuale convento (sul versante orientale, vicino al campanile interno): era una struttura a rettangolo allungato, su quattro livelli, con accesso sopraelevato, rifatta e restaurata in età rinascimentale. All'abate Oderisio II si deve il chiostro duecentesco che si svolgeva su tre lati (in gran parte ricostruito nella prima metà del Novecento) con trifore con colonnelle in marmo ed abaco a stampella. Sui tre lati si sviluppava il complesso abitativo e produttivo benedettino del XIII secolo, di cui rimane visibile l'attuale area conventuale e parte del settore settentrionale basso (più vicino all'ingresso alla chiesa), caratterizzata da strette feritoie (arciere).