La Pinacoteca Nazionale di Bologna trova sede nell'ex noviziato gesuita di Sant'Ignazio al quartiere universitario, nello stesso edificio storico che ospita l’Accademia di Belle Arti. Il museo, offre una vasta panoramica della pittura emiliana dal XIII al XVIII secolo, tuttavia non mancano testimonianze fondamentali di artisti non bolognesi che ebbero contatti diretti e non con la città.

Primo nucleo della futura Pinacoteca fu l'acquisto nel 1762, da parte di monsignor Francesco Zambeccari, di otto tavole del primo Cinquecento provenienti dalla demolizione della chiesa di Santa Maria Maddalena, per l'Istituto delle Scienze e destinate ad essere conservate nell'Accademia Clementina, la sezione artistica dell'Istituto scientifico. Nel 1776, sempre per l'Accademia Clementina, vennero acquistate una dozzina di tavole trecentesche e di icone bizantine, provenienti dal lascito di Urbano Savorgnan, già site nell'Oratoriano di San Filippo Neri.

Totalmente rinnovata nel 1997, la Pinacoteca presenta ora, oltre alle 30 sale espositive, le Sale delle Belle Arti e locali modernamente attrezzati allestiti nel piano interrato, grazie ai quali l'edificio accoglie mostre temporanee di medio e grande respiro, attività didattiche, seminari e convegni.

L'esposizione si articola in sezioni suddivise storicamente per scuole e l'itinerario ripercorre le opere di autori risalenti al XIII e XIV secolo (Vitale da Bologna, Giotto, Lorenzo Monaco, Simone dei Crocifissi, ecc.), al periodo del Rinascimento (Raffaello, Perugino, Tintoretto, Lorenzo Costa, ecc.), del Manierismo (Giorgio Vasari, Bartolomeo Cesi, ecc.), all'Età Barocca (i Carracci, il Guercino, ecc.) per arrivare infine alla Sala dei dipinti seicenteschi di grande formato.